Créé en 1915, le Secrétariat général du ministère des Affaires étrangères et européennes a une double fonction. Il assiste le ministre dans la conduite des affaires et la représentation diplomatique ; il supervise et coordonne l’action des différents services du ministère, en étroite relation avec le cabinet du ministre, afin de montrer une image unifiée de la politique internationale de la France.

La mission du Secrétaire général est très importante car il veille au bon fonctionnement du ministère ; il en est en quelque sorte le general manager. D’ailleurs, il est le plus haut fonctionnaire du Quai d’Orsay. Dans la hiérarchie, il se trouve au second rang après le ministre lui-même.

Le titre et la fonction de secrétaire général ont été créés le 30 octobre 1915, initialement dans le but de donner un poste à l’ambassadeur en Allemagne (Berlin), Jules Cambon qui s’était retrouvé sans affectation au début de la Première Guerre mondiale.

Mais le poste voit son statut réellement précisé lorsque Maurice Paléologue est nommé le 20 janvier 1920. Le secrétaire général exerce désormais la direction de tous les services du ministère des affaires étrangères.

En 1976, au moment où le Quai s’engage dans un certain nombre de réformes, le rôle de Secrétaire général est mis sur la sellette. Alors qu’un rapport remis par les ambassadeurs préconise son renforcement, M. Sauvagnargues, le ministre de l’époque, propose sinon de supprimer le poste, du moins de l’affaiblir. Il suggère en effet que les tâches du secrétaire général soient de nature plus spécifiquement administratives.

Mais c'est la solution inverse qui est retenue : le Secrétaire général aura essentiellement un rôle de réflexion et d'impulsion d'ordre politique. Il n'assurera plus la direction des services, mais pourra cependant, ce qui paraît quelque peu contradictoire, leur donner des directives, ceux-ci étant placés directement sous l'autorité du ministre.

De cette décision est né le décret du 2 novembre 1976 (qui finalement ne bouleverse en rien le rôle du secrétaire général) : « Le secrétaire général du ministère des affaires étrangères assiste le ministre dans l'orientation générale et la conduite des affaires. Il assure à sa demande toute tâche d'étude et de prévision» (art. 1). « Le secrétaire général supplée le ministre dans les rapports avec les diplomates accrédités. Il peut le représenter dans les réunions ou organismes interministériel » (art. 2). « Le secrétaire général suit les questions relatives à l'organisation du ministère. Il veille à l'adaptation des moyens des services et des postes à leurs missions » (art. 3).

Cependant, dans la pratique, nul texte ne peut codifier les relations qui doivent s'établir entre le ministre et son secrétaire général. Le cabinet du ministre peut, s’il le souhaite, rendre inutile le secrétaire général (en le court-circuitant sur toutes ses décisions/suggestions par exemple) ou au contraire, en faire un pilier du Quai d’Orsay.

Parmi ceux qui ont eu le plus d’influence, on peut citer Philippe Berthelot, Louis Joxe ou encore Geoffroy Chodron de Courcel.

«L’institution, unique dans toute l’administration française, témoigne de l’impératif de coordination et d’unité d’action propre aux Affaires étrangères. » (Site France. Diplomatie)

La fonction première du Secrétariat général du Quai d’Orsay est de faire en sorte que le ministère fonctionne de la manière la plus efficace et la plus cohérente possible. Le Secrétaire général « garde la maison ». Il est le vrai patron administratif du ministère des Affaires étrangères..

Il est donc responsable de l’organisation des différents services. Il doit veiller à l'adaptation des moyens à ces derniers et des diplomates à leurs missions. Il joue aussi un rôle de coordonnateur et d’arbitre entre les directions.

Le Secrétariat général est en effet directement responsable de la direction générale de l'administration et de la modernisation (DGA), de la direction des affaires juridiques (DAJ), de la direction de la communication et du porte-parolat (DCP) ainsi que de la direction des archives (DA).

Il conseille et assiste également la délégation pour l’action extérieure des collectivités territoriales qui a pour mission de définir et mettre en œuvre la stratégie de soutien à la coopération décentralisée ; ainsi que le Centre de Crise qui coordonne l’action du ministère en cas de crise internationale et/ou humanitaire.

Il est aussi chargé de soutenir les autres services du ministère, notamment dans des missions administratives (personnels, budget, conseil juridique.) et des missions transversales.

En général, le Secrétaire général réunit les directeurs au moins deux fois par semaine pour faire le point.  Il est aussi assister d’un secrétaire général adjoint et de deux ou trois collaborateurs.

Mais le Secrétaire général joue un rôle bien plus qu’administratif. Selon le décret du 2 novembre 1976 fixant les attributions du secrétaire général, ce dernier assiste également le ministre dans l'orientation générale et la conduite des affaires. En d’autres termes, il participe au processus de décision des actions du Quai d’Orsay.

Beaucoup considèrent d’ailleurs qu’être nommé à ce poste est le point culminant de la carrière d’un diplomate (généralement, le Secrétaire général est élevé au grade d'ambassadeur de France, qui est le plus haut de la diplomatie française) ; car à ce titre, le Secrétaire général est moralement le chef de corps des diplomates.

Il est responsable de l’organisation et du suivi des missions des ambassadeurs de France. Il supplée le ministre dans ses relations avec les diplomates accrédités (il peut d’ailleurs le représenter dans les réunions ou organismes interministériels). Il accueille des personnalités de passage - c’est d’ailleurs lui qui reçoit le plus souvent les ambassadeurs étrangers. Il tient aussi des consultations régulières avec ses homologues étrangers et remplit parfois des missions à l’extérieur.